Il maggiore azionista di Unipol è Finsoe S.p.A., che detiene stabilmente il 50,2% del suo capitale ordinario (52,4% al 31 marzo 2006 secondo il database presente sul sito Consob, mentre la quota sul capitale totale è pari al 32,521%). Finsoe è quindi la holding di controllo del Gruppo Unipol, articolato in diverse società operanti nei settori assicurativo, bancario, del risparmio gestito e del merchant banking. La maggioranza del capitale di Finsoe (60,7%) è detenuta da Holmo S.p.A., società di partecipazioni controllata da aziende appartenenti al movimento cooperativo di Legacoop (tra cui le principali cooperative di consumatori e del settore di produzione e lavoro).
Il secondo azionista di Finsoe, con una quota di rilievo (27,8%), è Banca Monte dei Paschi di Siena, con la quale il Gruppo Unipol ha stretto un patto di consultazione. La quota rimanente del capitale di Finsoe è detenuta da HOPA, P&V e JP Morgan.
Il 49,8% del capitale ordinario di Unipol Assicurazioni ed il 100% delle azioni privilegiate costituiscono invece capitale flottante, trattato sul mercato azionario della Borsa Italiana. Al 31 marzo 2006, oltre a Finsoe, gli azionisti che detenevano quote superiori al 2% del capitale totale di Unipol Assicurazioni erano Hopa S.p.A. (con il 4,3% del capitale ordinario ed il 2,756% del capitale totale), P&V Assurances (con il 4,107% del capitale ordinario ed il 2,558% del capitale totale), Banca Popolare Italiana (con il 3,207% del capitale ordinario ed il 2,037% del capitale totale), Ingegneria Biomedica Santa Lucia S.p.A. (con l’ 1,510% del capitale ordinario ed il 2,076% del capitale totale), Atticus Capital LLC (con l’ 1,273% del capitale ordinario ed il 2,020% del capitale totale) e Amber Capital LP (con lo 0% del capitale ordinario ed il 2,001% del capitale totale).